Este tema se soluciona rapidamente de la siguiente manera:
Se debe eliminar el contenido del arhivo ~/.local/share/recently-used.xbel
También encontré un código en python, en un foro que puede servir para automatizar el proceso, el codigo en cuestión es el siguiente:
#!/usr/bin/env python
import os
home = os.environ.get('HOME')
bookmark_path = '.local/share/recently-used.xbel'
from xml.etree.ElementTree import ElementTree
tree = ElementTree()
root = tree.parse(os.path.join(home,bookmark_path))
root.clear()
tree.write(os.path.join(home,bookmark_path),encoding="utf8")
print "cleared your bookmarks"
Mientras instalo mejoras y seguramente viene esta nueva característica en camino, utilizaré el script, muy útil cuando ya no es posible localizar los archivos recientes con facilidad.
Saludos!!!