de forma habitual lo que yo hacia era enviar un echo vacío al archivo
echo "" > archivo_truncado
Sin embargo en este tutorial, me encuentro con el comando truncate.
La ventaja de usar truncate es que se puede especificar el tamaño al cual queremos dejar nuestro archivo, se usa el modificador -s
Ej:
truncate -s 0 /var/log/nginx/access.log
También se puede hacer limpieza de múltiples archivos.
truncate -s 0 /var/log/**/*.log
Un saludo.